A l'état naturel, la Spiruline vit dans des conditions très particulières : elle se développe dans des eaux légèrement salées, peu profondes, très alcalines, riches en carbonates et bicarbonates de sodium et très fortement minéralisées, dans la zone de la ceinture tropicale (exemple : lacs alcalins, près des volcans, dans des anciens cratères ...).
Elle possède l'avantage de se reproduite à une vitesse extraordinaire (jusqu'à 20% par jour lorsque les conditions sont réunies).
Pour sa croissance, elle a besoin de beaucoup de lumière, de chaleur et d'une température optimale du milieu de culture comprise entre 20 et 38°C.
Le pH de son milieu de culture est situé entre 10 et 12. Cette grande alcalinité ne permet pas la prolifération d'autres micro-organismes, son milieu de culture est très propre et sain.
De ce fait, la Spiruline est un aliment pur au niveau bactériologique. D'autant plus qu'elle est située au début de la chaîne alimentaire et n'est par conséquent, pas sujette aux contaminations.
Sa salinité minimale est 2 g / litre mais peut s'élever jusqu'à 20 g / litre. Malgré cette salinité, la Spiruline n'est pas une algue marine puisqu'elle ne contient que très peu de sel et pratiquement pas d'iode (trace).
Elle se nourrit essentiellement de carbone, de minéraux, d'oligo-éléments et d'azote.
On retrouve ces caractéristiques très spéciales de vie naturellement dans le lac Tchad en Afrique, les lacs Rudolf et Nakura au Kenya, dans le lac Texcoco au Mexique, dans le lac Paracas au Pérou, dans le lac Lonar en Inde ...